A partir de 170 d.C. até 312 d.C. houve uma grande perseguição aos cristãos, considerada uma religião ilegal a partir de 96 a.D., culminando com a mais feroz de todas, com duração de dez anos, promovida pelo imperador Deoclécio. Estas perseguições, como acontecem geralmente, tiveram o efeito de purificar as igrejas, afastando delas aqueles que não tinham um comprometimento sincero com Cristo, e algumas igrejas que haviam aderido ao movimento nicolaíta se afastaram dele. Assim a maioria das igrejas, que se mantinham ainda mais ou menos fiéis às doutrinas e práticas primitivas dos apóstolos, aos poucos se acharam isoladas daquelas, em número crescente, que aderiam ao movimento catolicista, que as dominava e nelas introduzia heresias e práticas pagãs. Este movimento catolicista, portanto, era uma seita poderosa e maléfica dentro do cristianismo.
Em 312 d.C. o imperador romano Constantino legalizou a fé cristã e a adotou como religião oficial, fazendo-se seu "pontífice" ou sumo sacerdote, posição que ocupava na religião pagã de onde saiu. Antes disto, as igrejas eram autônomas, mas em sua maioria tinham sido persuadidas a se tornarem"católicas", unindo-se em grupos debaixo da supervisão de um bispo "metropolitano", que se aliava ao líder político local, geralmente um rei ou príncipe. O bispo metropolitano se comunicava com os outros bispos "católicos", e tomava parte em concílios das igrejas para tomar decisões de ordem religiosa e administrativa. Os bispos de Alexandria, Antióquia, Constantinopla, Jerusalém e Roma eram considerados os mais importantes. Constantino submeteu esses bispos à sua própria autoridade.
A igreja em Roma e nas outras cidades sob a jurisdição do bispo metropolitano de Roma sofreu a maior influência de Constantino, dando origem à instituição católico-romana, a maior seita de todos os séculos, e que
permanece até hoje. O "batismo" infantil, que havia aparecido e fora combatido até poucos anos antes se tornou a porta de entrada para esse novo sistema político-religioso, e a fé pessoal perdeu sua importância; sacerdotes pagãos foram "convertidos" e se tornaram "cristãos" bem como seus templos; o imperador doou um bom número de edifícios imponentes, chamados "basílicas", para serem convertidos em templos "cristãos", contribuindo generosamente para a sua decoração; ele deu ao "clero" roupagens especiais, semelhantes àquelas usadas pelos sacerdotes dos templos pagãos; os bispos logo foram providos de tronos, foram vestidos com paramentos magníficos e jóias, tendo diante deles altares caríssimos de mármore decorados com ouro e
pedras preciosas. Uma liturgia padronizada de grande pompa foi introduzida, e a livre pregação e ensino da Bíblia foram grandemente restringidos, dando-se maior ênfase à filosofia pagã grega; ídolos e festas pagãs foram "cristianizadas" com os nomes de "santos", etc.
A doutrina dos nicolaítas fez um progresso enorme, tanto que no primeiro Concílio das igrejas "universais" (grande parte das quais eventualmente convergiram para se submeter ao bispo de Roma, voluntária ou obrigatoriamente), realizado em Nicéia em 325 A.D., dos 1500 delegados vinte por cento já se consideravam "clero", uma classe à parte. Foi um concílio tempestuoso, cheio de intrigas e politicagem, e pela supremacia do "clero" em suas decisões torna-se evidente que esta doutrina havia se tornado firme e permanente dentro dessa seita.
No ano 606 o "papa" Bonifácio III foi coroado "bispo universal", dando início à Idade Média. Com a "coroação" de Bonifácio III, que se deu a si mesmo o título de "vigário de Cristo", "herdeiro de São Pedro" e outras coisas mais, ele recebeu autoridade imperial para absorver os demais episcopados para dentro da sua instituição, que já havia se tornado muito corrupta, imoral e idólatra (antes, como já vimos, o imperador romano havia sido indiretamente a suprema autoridade das igrejas que se chamavam "católicas"). Esse papa e os seus sucessores trataram de submeter debaixo da sua autoridade as demais igrejas, usando a força das armas se falhassem a persuasão e a tortura, impondo a morte quando não houvesse submissão: a Inquisição e as cruzadas pertencem a esse período.
O bispo metropolitano de Constantinopla (antiga Bizâncio) conseguiu escapar: desde 381 ele havia recebido direitos iguais aos do bispo de Roma porque a sede do governo imperial havia sido transferida para lá, e a cidade se tornara a "nova Roma". Essa foi a origem da "igreja ortodoxa", uma nova seita que tomou sob suas asas as igrejas da Europa oriental e Ásia Menor. Infelizmente, com o poder secular que recebeu, essa instituição tornou-se tão corrupta quanto a instituição romana.
Jezabel (1 Reis 16 - 21, 2 Reis 9) é uma figura muito apropriada daquilo em que a seita católico-romana se converteu durante a Idade Média. Como Jezabel na antigüidade, a seita introduziu em suas igrejas práticas pagãs, bem como a idolatria (prostituição espiritual), e tornou-se um sistema religioso novo que tinha pouca semelhança com as igrejas apostólicas. Entre suas heresias está a justificação pelas obras junto com os rituais da igreja, a regeneração pelo batismo, a adoração aos anjos, aos "santos" mortos e às imagens, o celibato para o "clero", a confissão obrigatória aos "sacerdotes", o purgatório, a transubstanciação do pão e do vinho em carne e sangue de Cristo, as indulgências, a penitência, a adoração de Maria, o ritualismo pagão, o sinal da cruz, a água benta, o óleo sagrado, o rosário, etc.
No entanto, muitas igrejas fiéis a Cristo resistiram ao domínio dessa poderosa seita através da história e mantiveram a sã doutrina, sujeitando-se a perseguições terríveis promovidas pelos papas e seus asseclas, multidões sendo levadas ao martírio, em grande parte imposto pela ordem dominicana que se responsabilizou pela inquisição. Entre os martirizados se contam aqueles a quem os católicos davam o nome de cátaros, albigenses, puritanos e outros, e se chamavam entre si de "irmãos".
Logo depois de transferir a capital do império romano para Bizâncio (330), o imperador Constantino mudou seu nome para Constantinopla e Nova Roma, e promoveu o bispo para arcebispo. Em 381 o primeiro concílio de Constantinopla admitiu que seus direitos eram agora iguais aos do bispo de Roma. Uns dois séculos mais tarde o título de "patriarca ecumênico" foi acrescentado ao de arcebispo.
A autoridade do patriarca de Constantinopla se estendeu sobre a maioria das igrejas "católicas" da Europa oriental, na Bulgária, Sérvia, Românica, e Rússia, e representou um desafio à autoridade do papa romano. Houve confrontação entre os dois em 867 e 1054, desde quando se tornaram inimigos até 1964.
Neste meio tempo adquiriram também independência o patriarcado de Moscou (1593), as igrejas nacionais da Grécia (1833), Romênia (1865), Sérvia (1879), Bulgária (1870) e Albânia (1937). O patriarca de Constantinopla teve assim sua influência reduzida a um território muito pequeno na Turquia e na Grécia, alguns arcebispados e metropolitanatos na Europa, América do Sul e do Norte, Austrália e Nova Zelândia, e a igreja autônoma da Finlândia. O governo da Turquia (muçulmano) tolera a sua permanência desde que seja de nacionalidade turca e na Turquia atenda apenas a paroquianos de nacionalidade grega.
Essas seitas se assemelham muito à romana em sua doutrina e cerimonial, mas substituem as estátuas dos romanistas por ícones (pinturas) aos quais dão valor espiritual e adoram. Também perseguiram e continuam perseguindo os que rejeitam a sua autoridade e procuram obedecer apenas às Escrituras.
Alexandria era antigamente a capital da diocese "católica" do Egito, e foi o centro cultural do império romano oriental. A diocese tinha seu próprio bispo "metropolitano" e abrangia principalmente o Egito e a Etiópia. As igrejas sob seu controle praticavam rituais próprios, conhecidos como "alexandrinos", independentes da instituição romana. No século 18 uma parte se submeteu ao papa da instituição romana, chamando-se igreja cóptica católica, e adotou uma liturgia bizantina; a outra continuou independente da instituição romana, chamando-se de igreja ortodoxa da Etiópia. Praticam o mesmo clericalismo, ritualismo, e idolatria da instituição romana e muitas das suas heresias - e outras próprias.
À medida que o catolicismo crescia e se fortalecia com o apoio do poder imperial, todos os dissidentes se viam perseguidos, castigados e eliminados, tanto os que se recusavam a aderir a essas seitas quanto os que se revoltavam dentro delas. Todos eram considerados igualmente hereges pela instituições apoiadas pelo imperador romano, e muitos desapareceram deixando poucos vestígios, além de uma ligeira menção pela sua inimiga. Entre elas ainda são lembrados os Montanistas, Marcionitas, Novacianos, Donatistas, o Arianismo, Pelagianismo, Sacerdotalismo, Monasticismo.
Durante todo esse tempo, todavia, sempre houve irmãos que se mantinham firmes na fé ensinada pelos apóstolos, reunindo-se em casas ou outros lugares, recebendo vários apelidos por parte das seitas católicas, sempre perseguidos e freqüentemente assassinados, muitas vezes povoações inteiras eram martirizadas. Eram apelidados de valdenses, picardos, irmãos cristãos, irmãos unidos, hussitas, lolardos, beghardos, schwestrionos, bons homens, petrobrussianos, albigenses, moravianos e incontáveis outros nomes. Alguns, como os taboritas na Boêmia, se formaram em grupos caracterizando-se como seitas e cometeram os mesmos erros dos católicos aliando-se com políticos influentes, resultando em sua própria ruína.